Wie sie mit der Akademie der Schönen Künste »zusammenwuchs«, ist immer reicher geworden. So wurden die Werke ausgestellt, die auch gleich zu Symbolen des Museums wurden: die „Hochzeit der Jungfrau“ von Raffael (1504) die „Madonna mit Kind“ von Gentile Bellini (1510), die „Kreuzigung“ von Bramantino.

Mit der Krönung Napoleons (1805) wurde das Museum weiter bereichert, dank einer Vereinbarung mit dem Louvre von Paris bekam die Brera fünf Gemälde von Rubens, Joardens, Van Dyck und Rembrandt, um die flämische Schule des 17. Jahrhunderts darzustellen.

In den selben Jahren kamen andere Fresken von Kirchen, von Bernardino Luini, Gaudenzio Ferrari, Vincenzo Foppa, Borgognone und Bramantino, und in dieser Hinsicht entstand damit eine der größten Sammlungen. Ab 1815, mit der Restauration wuchs die Kollektion weiter, in dieser Zeit kam der berühmte „Tote Christi“ von Mantegna und die „Madonna der Rosen“ von Luini.

Ab 1898 kamen weitere wichtige Werke von Correggio, Pietro Longhi, Piazzetta, Tiepolo, Canaletto und Fattori, wie auch das "Cena in Emmaus" von Caravaggio und "il Pergolato" von Silvestro Lega. Diese Werke wurden durch das Verein der "Freunde von Brera und der Mailändischen Museen" erworben.

Das Museum ist in den ´50er Jahren erneut und wieder eröffnet worden, mit einem moderneren Charakter, wurde auch mit dem sog. Appartement des Astronomen erweitert, wo die Werke von den größten italienischen Künstlern der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts ausgestellt sind, darunter die von Boccioni, Braque, Carrà, De Pisis, Marino Marini, Modigliani e Morandi. In den ´80er Jahren studierte man eine neue museographische Aspekt, um ein innovatives und nie gesehenes Material bekannt machen zu können.