1779 ist die Institut von „Botanik und Medizinische Materie“ eröffnet, was das alte Balustrade von dem Porta Carini und ein wenig von dem herumliegenden Land bekommen hat, um einen kleinen botanischen Garten auszustatten. Das Ziel war, die „Einfachen“ zu kultivieren, also die Heilpflanzen, die der öffentlichen Gesundheit und der Didaktik nützlich waren.

Aber bereits 1786 wurde beschlossen, den Garten in der Nähe der senatorischen Villa Giulia zu verlegen. Die Bauarbeiten der Gebäuden des Gartens im neoklassischen Stil sind 1795 beendet worden. Sie bestehen aus einem Zentralgebäude, das Gymnasium, und aus zwei Nebengebäuden, das Tepidarium und das Calidarium und sind nach den Entwürfen von dem französischen Architekt Lèon Dufourny ausgeführt worden.

Bei dem Gymnasium befindet sich der älteste Teil des Gartens, Sistema Linneo genannt, weil man in dieser Sektion, laut den Anweisungen von dem Franziskaner-Botaniker Bernardino da Ucria, die Pflanzensorten nach der Taxonomie von Carl von Linné angepflanzt hat. Der riesige Ficus Magnolioide wurde 1845 von den Norfolk-Inseln importiert und ist heute Symbol des Gartens.

Die wissenschaftliche Kollektionen bestehen aus über 12.000 Sorten. Sie basiert sich auf Pflanzen, die aus solchen subtropischen Zonen stammen, deren klimatischen Bedingungen sich an die von Sizilien ähneln. In den ersten Jahren des Gartens begannen die Pflanzen aus Afrika, aus Amerika und besonders die aus Australien in einem unwahrscheinlich raschen Tempo zu wachsen, der keiner erwartet hatte.