In dem Speisesaal (Refektorium) des antiken dominikanischen Klosters bewundert man das Abendmahl von Leonardo da Vinci, der sie 1495 angefangen und 1498 beendet hatte.

Der Fürst von Mailand, Francesco I Sforza beschloss 1463 ein Dominikanerkloster zu errichten und eine Kirche, wo früher die Kapelle Santa Maria delle Grazie stand und mit dem Projekt wurde Guiniforte Solari beauftragt. Das Kloster wurde 1469, die Kirche 1482 beendet.

Ludwig der Maure (Ludovico il Moro) hat an dem Apsis und an dem Kreuzgang einige Änderungen durchführen lassen, somit endeten die Bauarbeiten endgültig im Jahre 1490. Ludwig der Maure wollte hier die Begräbnisstätte der Sforza unterbringen und 1497 ließ auch seine Frau Beatrice d´Este beisetzen.

Zwischen den 1553 und 1778 war das Kloster Sitz der Inquisitionstribunale und nach der Plünderung der napoleonischen Zeit wurde es zu einer Kaserne. Die Nacht von dem 15. August 1943 ist die Kirche unter der Bombardierung der Alliierten schwer beschädigt worden, auch der Speisesaal ist der Erde gleichgemacht worden, ausgenommen einige Wände, darunter auch die des Abendmahls.

Trotz der schrecklichen Zerstörung, dank der Unternehmungslust und Bereitschaft zur Initiative der Mailänder haben die Kirche und das Kloster ihren alten Glanz zurückbekommen. In der fünften Kapelle befindet sich ein echtes Meisterwerk: eine Parade von Engeln aus Stuck. Die Sitzbänke des 16. Jahrhunderts sind auch wunderschön, mit Intarsien und verschiedenen Sorten von Holz ausgearbeitet. Sehr bekannt ist auch die Tribune von Bramante, die zum Presbyterium gehört. Hier befindet sich auch ein der schönsten intarsierten Holzchören der Renaissance. In dem wunderbaren kleinen Kreuzgang unter der Tribune, über der Tür die zur Sakristei führt, sieht man eine Freske von Bramantino.